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S2AQUA promotes specialised training and education, so we work with students and recent graduates, offering various opportunities for experimental work in a wide range of areas:

  • Aquaculture
  • Marine Biology
  • Biochemistry
  • Molecular Biology
  • Biomedical
  • among others.

If you are interested in any of these subjects, take a look at the list below and contact us!

  • Diagnóstico molecular “𝘪𝘯 𝘭𝘰𝘤𝘰” de parasitas marinhos emergentes em aquacultura utilizando a tecnologia LAMP

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Diagnóstico molecular "in loco" de parasitas marinhos emergentes em aquacultura utilizando a tecnologia LAMP

    Objetivo geral: As doenças parasitárias representam um dos principais constrangimentos à sustentabilidade da aquacultura marinha, causando elevadas taxas de mortalidade e perdas económicas significativas. Parasitas como Amyloodinium ocellatum e amebas patogénicas são particularmente problemáticos devido à sua rápida disseminação e à dificuldade de deteção precoce em ambiente produtivo. Atualmente, o diagnóstico baseia-se maioritariamente em observação microscópica e métodos moleculares laboratoriais (PCR), que requerem infraestruturas especializadas, pessoal técnico treinado e tempos de resposta incompatíveis com a tomada de decisão rápida em contexto industrial. A tecnologia LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification) surge como uma alternativa promissora, permitindo amplificação de DNA rápida, sensível e específica, sem necessidade de equipamento complexo. Apesar do seu potencial, a aplicação do LAMP em ambiente industrial aquícola ainda é limitada, exigindo otimização de protocolos e validação com amostras reais.

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica sobre parasitas marinhos relevantes e métodos de diagnóstico molecular existentes;

    • Seleção de alvos moleculares para Amyloodinium ocellatum e Amebas patogénicas;

    • Otimização de protocolos LAMP (primers, condições de reação e métodos de deteção);

    • Testes de sensibilidade e especificidade usando amostras laboratoriais e ambientais;

    • Aplicação e validação do método em contexto industrial aquícola.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Desenvolvimento e otimização de organoides intestinais de dourada (𝘚𝘱𝘢𝘳𝘶𝘴 𝘢𝘶𝘳𝘢𝘵𝘢) e robalo (𝘋𝘪𝘤𝘦𝘯𝘵𝘳𝘢𝘳𝘤𝘩𝘶𝘴 𝘭𝘢𝘣𝘳𝘢𝘹) como modelos funcionais em aquacultura

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento e otimização de organoides intestinais de dourada (Sparus aurata) e robalo (Dicentrarchus labrax) como modelos funcionais em aquacultura

    Objetivo geral: O intestino desempenha um papel central na saúde, nutrição e resposta imunitária dos peixes, sendo diretamente influenciado por fatores como dieta, stress ambiental e patógenos. No entanto, o estudo destes processos em peixes depende ainda fortemente de ensaios in vivo, levantando questões éticas, logísticas e económicas.
    Os organoides intestinais, chamados de “mini-intestinos”, surgem como modelos tridimensionais inovadores, capazes de mimetizar a arquitetura e funções do epitélio intestinal. Embora amplamente utilizados em modelos humanos e de mamíferos, a sua aplicação em espécies aquícolas marinhas é ainda incipiente, existindo uma clara lacuna na otimização de protocolos específicos para espécies como dourada e robalo. Esta tese pretende contribuir para o desenvolvimento de modelos in vitro robustos, reprodutíveis e aplicáveis à investigação em nutrição, toxicologia e saúde animal.

    Tarefas previstas:

    • Revisão do estado da arte sobre organoides intestinais em vertebrados e peixes;

    • Isolamento e caracterização de células intestinais de dourada e robalo;

    • Otimização de protocolos de cultura tridimensional (matrizes, fatores de crescimento e condições de cultivo);

    • Avaliação morfológica e funcional dos organoides obtidos;

    • Testes preliminares de resposta a estímulos nutricionais ou ambientais.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Estabelecimento de organoides de pele de salmão como modelo inovador para o estudo de barreiras epiteliais em aquacultura

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Estabelecimento de organoides de pele de salmão como modelo inovador para o estudo de barreiras epiteliais em aquacultura

    Objetivo geral: A pele dos peixes constitui a primeira linha de defesa contra agentes patogénicos e stress ambiental, sendo crucial para a sobrevivência e bem-estar em sistemas aquícolas intensivos. No salmão, lesões cutâneas estão frequentemente associadas a infeções, parasitas e manuseamento, com impactos diretos na produtividade. Os organoides de pele representam uma abordagem emergente na engenharia de tecidos, permitindo o estudo de processos celulares complexos num sistema controlado e biologicamente relevante. Contudo, a aplicação desta tecnologia a espécies aquícolas, nomeadamente ao salmão, encontra-se ainda numa fase embrionária. Esta tese visa desenvolver e otimizar protocolos para o cultivo de organoides de pele de salmão, abrindo novas perspetivas para a investigação em saúde cutânea, toxicologia e interações hospedeiro-patógeno.

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica sobre organoides de pele e modelos epiteliais em peixes e mamíferos;

    • Isolamento de células da pele de salmão;

    • Desenvolvimento e otimização de protocolos de cultura tridimensional;

    • Caracterização estrutural e celular dos organoides;

    • Avaliação da viabilidade e estabilidade dos modelos ao longo do tempo.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Desenvolvimento de uma ferramenta molecular para deteção precoce de microalgas tóxicas em sistemas marinhos e aquícolas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de uma ferramenta molecular para deteção precoce de microalgas tóxicas em sistemas marinhos e aquícolas

    Objetivo geral: Os blooms de microalgas tóxicas representam uma ameaça crescente para os ecossistemas marinhos, a saúde pública e a aquacultura, podendo levar ao encerramento de explorações e à mortalidade massiva de organismos cultivados. Os métodos tradicionais de monitorização baseiam-se na identificação microscópica e análises químicas, que são morosos e exigem elevada especialização técnica. Métodos moleculares oferecem uma alternativa rápida e específica para a deteção de espécies tóxicas antes da manifestação de efeitos visíveis, permitindo uma abordagem preventiva. Sistemas de alerta precoce baseados em biologia molecular ainda necessitam de desenvolvimento e validação para diferentes contextos ambientais. Esta tese propõe o desenvolvimento de um método molecular sensível e adaptável para deteção de microalgas tóxicas relevantes em ambientes marinhos e aquícolas.

    Tarefas previstas:

    • Revisão do estado da arte sobre microalgas tóxicas em Portugal e métodos de deteção;

    • Seleção de espécies-alvo e marcadores moleculares específicos;

    • Desenvolvimento e otimização de vários métodos de deteção molecular (qPCR, qPCR-Multiplex, dPCR…);

    • Testes de sensibilidade, especificidade e robustez de cada método;

    • Aplicação a amostras ambientais mais complexas.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Caracterização e otimização de linhas celulares de peixes para aplicações em aquacultura celular

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Caracterização e otimização de linhas celulares de peixes para aplicações em aquacultura celular

    Objetivo geral: A agricultura celular, baseada na produção de proteínas animais a partir de culturas celulares, apresenta-se como uma abordagem promissora para responder aos desafios futuros do abastecimento alimentar. No contexto deste setor emergente, a aquacultura celular, orientada para a produção de pescado cultivado, enfrenta uma limitação crítica relacionada com a escassa disponibilidade de linhas celulares de organismos marinhos adequadas a este fim.
    O presente trabalho tem como objetivo otimizar as condições de cultivo de linhas celulares de peixes e avaliar o seu potencial para aplicações em aquacultura celular. A adequação destas linhas será analisada com base no seu desempenho proliferativo, na capacidade de crescimento em meios isentos de soro animal e no potencial de diferenciação em linhagens musculares ou adiposas. Adicionalmente, será realizada a sua caracterização através de abordagens ómicas, nomeadamente transcriptómica, proteómica e/ou lipidómica.

    Tarefas previstas:

    • Autenticação das linhas celulares de peixes através de barcoding genético;

    • Otimização do crescimento celular por variação da temperatura de cultivo e do meio de cultura, com medição do tempo de duplicação celular;

    • Avaliação da capacidade de diferenciação das linhas celulares em células musculares e adiposas, utilizando protocolos de diferenciação e técnicas de coloração específicas;

    • Caracterização detalhada das linhas celulares através de abordagens multi-ómicas (transcriptómica, proteómica, lipidómica, entre outras);

    • Estabelecimento e/ou otimização de protocolos de criopreservação das linhas celulares.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Adaptação e caracterização de células de polvo cultivadas em meios isentos de soro animal suplementados com microalgas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Adaptação e caracterização de células de polvo cultivadas em meios isentos de soro animal suplementados com microalgas

    Objetivo geral: A substituição do soro fetal bovino por alternativas sustentáveis constitui um dos principais desafios na produção de alimentos cultivados à base de células. No contexto da aquacultura celular, a utilização de suplementos de com origem em microalgas surge como uma estratégia promissora para reduzir a dependência de componentes de origem animal, promovendo simultaneamente a sustentabilidade e a escalabilidade dos processos.
    O presente trabalho tem como objetivo adaptar culturas celulares de polvo a meios de cultura suplementados com soro de microalgas e avaliar o impacto dessa adaptação no desempenho celular e nas suas características biológicas e nutricionais. A adaptação será realizada através de uma estratégia gradual de substituição do soro animal, sendo analisados parâmetros como viabilidade, proliferação, estabilidade genética e morfologia celular. As células adaptadas serão posteriormente caracterizadas quanto à sua capacidade de diferenciação e aos seus perfis transcriptómico e proteómico, bem como quanto à sua composição nutricional, de modo a avaliar a sua adequação para aplicações em pescado cultivado.

    Tarefas previstas:

    • Adaptação progressiva de células de polvo a meios de cultura suplementados com diferentes formulações de soro de microalgas, recorrendo a uma estratégia de weaning;

    • Monitorização da adaptação celular através da avaliação da morfologia, viabilidade, proliferação e estabilidade genética;

    • Seleção da formulação de soro de microalgas com melhor desempenho celular;

    • Avaliação da capacidade de diferenciação das células adaptadas;

    • Caracterização molecular das células adaptadas por análises transcriptómicas e proteómicas;

    • Determinação do perfil nutricional das células cultivadas em meio otimizado e comparação com tecidos nativos, visando a sua aplicação em aquacultura celular.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Desenvolvimento e aplicação de modelos in vitro 2D para o estudo da regeneração epitelial em salmão

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento e aplicação de modelos in vitro 2D para o estudo da regeneração epitelial em salmão

    Objetivo geral: A regeneração eficiente do epitélio cutâneo é essencial para a manutenção da saúde e do bem-estar dos peixes em aquacultura. Modelos in vitro bidimensionais constituem ferramentas robustas e reprodutíveis para o estudo dos mecanismos celulares envolvidos nos processos de cicatrização e regeneração tecidular.
    O presente trabalho tem como objetivo desenvolver e aplicar modelos in vitro 2D baseados em células epiteliais de salmonídeos para a avaliação de processos regenerativos após lesão. A regeneração será estudada através de modelos de lesão induzida (scratch assay), permitindo avaliar o efeito de diferentes compostos com potencial regenerativo. A resposta celular será caracterizada com base na proliferação e viabilidade celular, sendo ainda complementada por análise transcriptómica, de forma a identificar alterações nos programas moleculares associados à regeneração epitelial.

    Tarefas previstas:

    • Estabelecimento e manutenção de culturas 2D de células epiteliais de salmonídeos;

    • Desenvolvimento de um modelo de lesão epitelial in vitro recorrendo a scratch assay;

    • Avaliação do efeito de diferentes compostos bioativos, individualmente e em combinação, na regeneração epitelial;

    • Quantificação da proliferação e viabilidade celular ao longo do processo regenerativo;

    • Caracterização funcional dos modelos 2D através de análise transcriptómica (RNA-seq).

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Influência do estádio de desenvolvimento no estabelecimento e desempenho de linhas celulares de robalo e dourada a partir de músculo e barbatana

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Influência do estádio de desenvolvimento no estabelecimento e desempenho de linhas celulares de robalo e dourada a partir de músculo e barbatana

    Objetivo geral: A aquacultura celular constitui uma abordagem promissora para a produção sustentável de pescado, sendo, no entanto, limitada pela escassa disponibilidade de linhas celulares de peixe bem caracterizadas e com desempenho consistente em cultura. A origem do tecido e o estádio de desenvolvimento do organismo doador são fatores determinantes para o sucesso do estabelecimento de culturas celulares, mas a sua influência tem sido pouco estudada de forma sistemática em espécies de interesse aquícola.
    O presente trabalho tem como objetivo avaliar o impacto do estádio de desenvolvimento - larvar, juvenil e adulto - na eficiência de estabelecimento e nas características biológicas de linhas celulares derivadas de músculo e barbatana de robalo (Dicentrarchus labrax) e dourada (Sparus aurata). Serão comparadas a eficiência do estabelecimento das culturas, o desempenho proliferativo e as características moleculares das linhas celulares obtidas, com vista à identificação das combinações de tecido e estádio de desenvolvimento mais adequadas para aplicações em aquacultura celular.

    Tarefas previstas:

    • Seleção das espécies robalo (Dicentrarchus labrax) e dourada (Sparus aurata) e definição dos estádios de desenvolvimento a estudar;

    • Recolha de explants de músculo e barbatana em indivíduos larvares, juvenis e adultos;

    • Estabelecimento de culturas primárias e desenvolvimento de linhas celulares em sistemas 2D;

    • Avaliação comparativa da eficiência de estabelecimento das culturas em função do tecido e do estádio de desenvolvimento;

    • Caracterização do crescimento celular, incluindo análise da proliferação e do tempo de duplicação;

    • Caracterização molecular das linhas celulares selecionadas através de abordagens ómicas, nomeadamente transcriptómica e/ou proteómica;

    • Estabelecimento e otimização de protocolos de criopreservação.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Desenvolvimento de um modelo 𝘪𝘯 𝘷𝘪𝘵𝘳𝘰 de desafio bacteriano em células epiteliais de robalo utilizando 𝘝𝘪𝘣𝘳𝘪𝘰 𝘢𝘯𝘨𝘶𝘪𝘭𝘭𝘢𝘳𝘶𝘮 inativado

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de um modelo in vitro de desafio bacteriano em células epiteliais de robalo utilizando Vibrio anguillarum inativado

    Objetivo geral: As infeções bacterianas são uma das principais causas de mortalidade e perdas económicas na aquacultura. A fase inicial da infeção ocorre frequentemente ao nível da pele e mucosas, onde as bactérias interagem com células epiteliais e ativam respostas imunitárias locais.
    Este trabalho propõe o desenvolvimento de um modelo in vitro simples, baseado em linhas celulares epiteliais de robalo (Dicentrarchus labrax), expostas a Vibrio anguillarum inativado. O modelo permitirá estudar a resposta inicial das células epiteliais à presença bacteriana, avaliando viabilidade, citotoxicidade e expressão de genes associados à resposta inflamatória e reconhecimento microbiano. Esta plataforma servirá como ferramenta preliminar para investigação de estratégias alternativas ao uso de antibióticos.

    Tarefas previstas:

    • Seleção e manutenção de linha celular epitelial de robalo (pele ou barbatana);

    • Preparação de Vibrio anguillarum inativado por calor ou fixação química;

    • Otimização das condições de exposição (concentração e tempo de estímulo);

    • Avaliação da viabilidade e citotoxicidade celular após o desafio;

    • Análise da expressão de genes relacionados com resposta inflamatória e reconhecimento bacteriano (ex.: IL-1β, TNF-α, TLRs, mucinas);

    • Interpretação integrada dos resultados e avaliação da utilidade do modelo como ferramenta in vitro para estudo de infeções bacterianas em peixes.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Cultivation of macroalgae under controlled conditions

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Raquel Quintã, Sandra Ramos 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Cultivation of macroalgae under controlled conditions

    Main objective: Investigate the cultivation of Ulva sp. and Gracilaria sp. under controlled and manipulated conditions. 
     
    Planned tasks:  

    • Experimental planning;

    • Preparing the experimental set-up;

    • Maintenance of macroalgae cultivation trials;

    • Sampling cultivated biomass, weighing and drying;

    • Monitoring environmental parameters and water quality during cultivation;

    • Preparation of biomass for CN analysis;

    • Literature review. 

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton na Ria Formosa e implicações para a capacidade de carga da aquacultura de bivalves

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Renata Gonçalves 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton na Ria Formosa e implicações para a capacidade de carga da aquacultura de bivalves 

    Objetivo geral: O objetivo deste trabalho é contribuir para a caracterização da capacidade de carga da Ria Formosa, analisando a dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton, com foco na disponibilidade alimentar para viveiros de ameijoa e na deteção sazonal de algas potencialmente tóxicas. O estudo visa identificar e quantificar o fitoplâncton em amostras recolhidas por viveiristas, avaliar padrões sazonais e espaciais, estimar a variabilidade da disponibilidade alimentar e registar a presença de géneros tóxicos, discutindo os resultados no contexto ecológico e produtivo da aquacultura de bivalves na Ria Formosa. 

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica;

    • Formação / afinação de identificação taxonómica;

    • Processamento de amostras;

    • Identificação e contagens; 

    • Construção de base de dados; 

    • Análise estatística; 

    • Redação da tese e preparação da defesa. 

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Optimization of the cultivation condition to produce soft-shell crab

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Renata Gonçalves 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Optimization of the cultivation condition to produce soft-shell crab 

    Main objective: Determine the most favorable conditions (temperature and feed) for the shell molting process in blue and green crabs
     
    Planned tasks:  

    • In vivo     trials with juvenile blue crabs (Callinectes sapidus) and green crabs (Carcinus maenas) to test the effect of temperature on the carapace molting process;

    • In vivo trials to test the effect of different feeding regimes on the growth of juvenile blue crabs (Callinectes sapidus) and green crabs (Carcinus maenas);

    • Laboratory analyses of physiological indicators (digestive enzyme activity);

    • Analyzing data and reporting results. 

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • iOysters – Development and optimization of oyster’s growth in closed systems - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     iOysters – Development and optimization of oyster’s growth in closes systems

    Main objective: The general objective of the iOysters project is to optimize oyster production conditions to obtain closed (RAS) and semi-closed production systems that allow oysters to be produced independently of the natural environment. The specific objectives are 1) characterize, evaluate and select the optimum conditions for oyster production; 2) optimize the diets and evaluate the densities and species of microalgae to be fed to the oysters.

    Proposed tasks:

    • Identification of the ideal conditions for oysters’ growth;

    • Exposure of commercially available triploid juveniles of the Japanese oyster (Magallana gigas) to various conditions to assess their impact (individual and combined) in oyster growth. This trial will focus on evaluating the impact of diets, environmental conditions, husbandry practices, handling techniques, as well as the diet provided, assessing the impact of changes in the composition and density of the food provided. These trials will be carried out in a closed system under controlled conditions, where all parameters will be regulated and monitored using sensors and manual measurements. The trials will last for three months and will analyze performance indices, nutritional quality and physiological responses. This activity includes tasks such as:

    - Design and implementation of bivalve production systems;

    - Maintaining shellfish production systems;

    - Routine feeding and cleaning of shellfish production systems;

    - Collecting biotic and abiotic parameters;

    - Collaborating in sampling for data collection;

    - Collaborating in analyzing and interpreting the data collected;

    - Collaborating in the preparation of reports and scientific articles.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Preliminary cryopreservation studies of macroalgae of economic interest found on the Algarve coast - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Preliminary cryopreservation studies of macroalgae of economic interest found on the Algarve coast

    Main objective: With the increasing use and production of macroalgae in aquaculture, the development of sustainable production strategies is becoming increasingly necessary. One of the key points in this process is the ability to maintain genetic diversity for the development of breeding programs with the aim of maintaining wild populations. Currently, biobanks are an important tool for strain preservation, biodiversity, conservation, ecosystem restoration and research applications. However, these efforts mainly target microalgae and terrestrial plants and the collections that include macroalgae are small and incomplete. Cryopreservation could be an alternative for long-term storage and preservation of biological species that can be used at any time. The general aim of this thesis is to develop cryopreservation protocols for macroalgae such as Ulva, Gracilaria and Saccorhiza.

    Proposed tasks:

    The aim of this work is to investigate various methods of cryopreserving macroalgae of commercial interest from the Portuguese coast, so that they can be stored and used in subsequent trials and to maintain a stock of genetic diversity. To this end, various tests will be carried out to assess the effect of different cryoprotectants, namely optimum concentrations, equilibrium time, cryopreservation temperature, defrosting temperature, and the regenerative efficiency of the cryopreserved species. Cultures will also be kept in cultivation to serve as control.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Optimizing protocols for culture of fish intestinal organoids - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Optimizing protocols for culture of fish intestinal organoids

    Main objective: The epithelial cells of the intestine are essential for the digestion and absorption of nutrients, but they also act as a physical and immunological barrier against microorganisms or toxins. The interaction between pathogens of species produced in aquaculture and their hosts is an area that has yet to be explored, which is why it is imperative to develop new methodologies to understand these mechanisms. The use of in vitro systems has emerged as a more practical and sustainable strategy with the aim of reducing the number of animals used in in vivo trials. The general aim of this thesis proposal is to develop protocols for culture of fish intestinal organoids as an in vitro tool to be used in nutritional or immunological response studies

    Proposed tasks:

    • To develop these in vitro systems, the planned tasks involve:

    - Biopsies of the posterior intestine of juvenile sea bream and sea bass;
    - Isolation of the intestinal crypts;
    - Testing of in vitro culture conditions (temperature, atmosphere, culture medium, etc.);

    • Once the intestinal organoids have been established, it will be necessary to:

    - Carry out toxicity tests;

    - Analyze the genetic profile of these cells.

     

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Cultivation of macroalgae in hatcheries - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Raquel Quintã, Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    AVAILABLE UNTIL DECEMBER

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Cultivation of macroalgae in hatcheries

    Main objective: Optimization of macroalgae cultivation techniques in hatcheries for production in the sea, and evaluation of their capacity for bioremediation of dissolved nutrients.

    Proposed tasks:

    • Collection of biomass for propagation, preparation and maintenance of biomass cultivation test on wire (spools) in a controlled and manipulate environment;

    • Biomass sampling, image capture, counts and measurements under magnifying glass/microscope, biomass weighing.

     

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Cultivation of macroalgae in IMTA - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Raquel Quintã, Sandra Ramos
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Cultivation of macroalgae in IMTA

    Main objective: Optimization of the cultivation of Ulva sp. and/or Gracilaria sp. in IMTA in earthen ponds and evaluation of nutrient bioremediation.

    Proposed tasks:

    • Biomass sampling, weighing and drying;

    • Sampling and analyzing dissolved nutrients;

    • Preparation of biomass for CN analysis;

    • Assessment of reproductive state of the cultivated biomass;

    • Monitoring environmental parameters;

    • Preparing and maintaining cultivation systems.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • A Machine Learning Algorithm for Automated Detection of specific fish blood cells - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: João Janeiro, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     A Machine Learning Algorithm for Automated Detection of specific fish blood cells

    Main objective: This thesis aims to develop a cutting-edge machine learning algorithm designed to automatically detect and classify specific types of blood cells in digitized fish blood samples. The project will involve processing and analysing high-resolution microscopic images using advanced image processing techniques and machine learning models. The successful development of this algorithm could significantly enhance biological research and diagnostics in ichthyology, providing a faster, more accurate alternative to manual microscopy analysis

    Objectives:

    • Gather a comprehensive dataset of digitized fish blood samples, annotated with expert biological input on cell types and characteristics;

    • Design and implement a machine learning model capable of recognizing and classifying various blood cell types in fish;

    • Assess the algorithm's accuracy and efficiency against a set of previously unseen test images, ensuring robustness and reliability;

    • Develop a user-friendly interface that allows biologists and researchers to easily input new images and receive detailed cell analysis;

    • Contribute to the body of knowledge in digital image processing in biological research by publishing a research paper.

    Proposed tasks:

    • Conduct a detailed review of existing techniques in image processing and machine learning applications in biological imaging;

    • Pre-process images to enhance features relevant for machine learning analysis, including segmentation and normalization;

    • Experiment with various machine learning models (e.g., CNNs, SVMs) to determine the most effective approach for cell detection and classification;

    • Train the model using the prepared dataset, perform hyperparameter tuning, and cross-validation to optimize performance;

    • Use metrics such as accuracy, precision, recall, and F1-score to evaluate the model on test data;

    • Develop and test a graphical user interface (GUI) that allows users to interact with the model seamlessly;

    • Paper preparation: Document the research process, model architecture, and evaluation results; prepare a research paper which will be the master thesis.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Effects of supplementing cryopreservation media with microalgae extracts and/or bovine milk-derived extracelular vesicles in sea bream (𝘚𝘱𝘢𝘳𝘶𝘴 𝘢𝘶𝘳𝘢𝘵𝘢) spermatozoa - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Sandra Ramos, Renata Gonçalves
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Effects of supplementing cryopreservation media with microalgae extracts and/or bovine milk-derived extracellular vesicles in sea bream (Sparus aurata) spermatozoa

    Main objective: Explore innovative techniques in fish sperm cryopreservation, particularly (1) the effects of microalgae extracts and (2) bovine milk-derived extracellular vesicles (EVs) in frozen gilthead sea bream spermatozoa. By leveraging the bioactive compounds in microalgae extracts (such as carotenoids, polyunsaturated fatty acids (PUFAs), phenolic compounds, terpenes, proteins, and sulphated polysaccharides) and in EVs (proteins, lipids, RNA, and microRNAs), the aim is to enhance sperm cell resilience and improve overall cryopreservation success rates, contributing to higher fertilization rates.

    Proposed tasks:

    Broodstock management techniques.

    • Sperm collection, cryopreservation and thawing procedures;

    • Fertilizations and possible induction of females to maturate and ovulate;

    • Evaluation of the quality of cryopreserved sperm by:

    - Assessing fertilization and hatching percentages of eggs;

    - Larval survival in 96-well plates;

    - Total and progressive motility and velocity;

    - Cell viability;

    - Lipid peroxidation;

    - Presence of Reactive Oxygen Species (ROS);

    - DNA integrity;

    - Cell apoptosis;

    • Perform statistical analyses on obtained results.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Effects of 𝘎𝘳𝘢𝘤𝘪𝘭𝘢𝘳𝘪𝘢 𝘴𝘱-Based Diets on Enhancing Gonad Production in Sea Urchins (𝘗𝘢𝘳𝘢𝘤𝘦𝘯𝘵𝘳𝘰𝘵𝘶𝘴 𝘭𝘪𝘷𝘪𝘥𝘶𝘴) - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Sandra Ramos, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Effects of Gracilaria sp-Based Diets on Enhancing Gonad Production in Sea Urchins (Paracentrotus lividus)

    Main objective: To investigate the effects of different diets, particularly fresh Gracilaria sp and its inclusion in a pelleted diet, on enhancing gonad production in sea urchins (Paracentrotus lividus).

    Objectives:

    • Conduct a sea urchin feeding trial over approximately three months, from January to March 2025.

    • Perform biometric measurements on sea urchins, including test diameter, wet weight, gonad weight, and Gonadosomatic Index (GSI), along with assessment of gonad color.

    • Conduct histological examination of sea urchin gonads.

    • Analyze the lipid content of sea urchin gonads.

    • Analyze results from fatty acids composition.

    • Perform statistical analyses on obtained results.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

  • Morphological and molecular identification of pathogenic bacteria isolated from marine animals - not available

    IDENTIFICATION OF THE SUPERVISOR
    Name: Iris Silva, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    SUMMARY DESCRIPTION OF THE WORK PROPOSAL
    Proposed title:     Morphological and molecular identification of pathogenic bacteria isolated from marine animals

    Main objective: The planned tasks involve 1) pathological analysis of diseased fish samples, in collaboration with the pathology laboratory, as well as 2) cultivation techniques, isolation and 3) morphological and biochemical characterization of the isolated bacteria. Subsequently, 4) cryopreservation methods and cataloguing will be carried out so that the samples can be added to the S2AQUA BIOBANK. For molecular identification, the tasks will focus on 5) searching databases for genetic sequences of the species in question, 6) designing primers, and 7) optimizing PCR protocols. It may also be necessary to analyze sequencing results.

    This thesis/internship proposal is academic in nature (curricular) and and is not remunerated.

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