Teses e estágios

O S2AQUA promove a formação e treino especializado, pelo que trabalhamos com alunos e recém graduados, disponibilizando várias oportunidades de trabalho experimental, que abarcam áreas bem diversas:

  • Aquacultura
  • Biologia Marinha
  • Bioquímica
  • Biologia Molecular
  • Biomédicas
  • entre outras.

Caso tenha interesse em algum destes temas, consulte a lista abaixo e contacte-nos!

  • Estudos preliminares de criopreservação de macroalgas com interesse económico presentes na costa algarvia

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Estudos preliminares de criopreservação de macroalgas com interesse económico presentes na costa algarvia

    Objetivo geral: Com o aumento do uso e produção de macroalgas em Aquacultura, o desenvolvimento de estratégias de produção sustentáveis torna-se cada vez mais necessário. Um dos pontos chave desse processo é a capacidade de manter a diversidade genética para o desenvolvimento de programas de reprodução com o objetivo de manter as populações selvagens. Atualmente, os biobancos são uma ferramenta importante para a preservação de estirpes, conservação da biodiversidade, restauração de ecossistemas, e aplicações na investigação. No entanto, estes esforços visam principalmente microalgas e plantas terrestres e as coleções que incluem macroalgas são pequenas e incompletas. A criopreservação poderá ser uma alternativa para guardar e preservar espécies biológicas a longo-prazo, que podem ser utilizadas a qualquer momento. O objetivo geral desta tese foca-se no desenvolvimento de protocolos de criopreservação de macroalgas como Ulva, Gracilaria ou Saccorhiza.

    Tarefas previstas:

    Com este trabalho pretende-se investigar diversos métodos de criopreservação de macroalgas que tenham interesse comercial presentes na costa portuguesa, para que estas possam ser guardadas e usadas em ensaios posteriores e para manter um stock de diversidade genética. Para isso serão efetuados diversos testes para avaliar o efeito de diferentes crioprotectores, nomeadamente concentrações ideais, tempo de equilíbrio, temperatura de criopreservação, temperatura de descongelamento, e a eficiência regenerativa das espécies criopreservadas. Serão também mantidas culturas em cultivo para servirem de controlo.

  • Otimização de protocolos para cultivo de organoides intestinais de peixe

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Otimização de protocolos para cultivo de organoides intestinais de peixe

    Objetivo geral: As células epiteliais do intestino são fundamentais para a digestão e absorção de nutrientes, mas também atuam como barreira física e imunológica contra microrganismos ou toxinas. A interação entre patógenos de espécies produzidas em aquacultura e os seus hospedeiros é uma área ainda pouco explorada, e por isso é imperativo o desenvolvimento de novas metodologias para compreender estes mecanismos. O uso de sistemas in vitro surgem como uma estratégia mais prática e sustentável com o objetivo de diminuir o número de animais usados em ensaios in vivo. O objetivo geral desta tese foca-se no desenvolvimento de protocolos de cultivo de organoides intestinais de peixe como ferramenta in vitro para ser usada em estudos nutricionais ou de respostas imunológicas.

    Tarefas previstas:

    Para o desenvolvimento destes sistemas in vitro, as tarefas previstas envolvem 1) biópsias ao intestino posterior de juvenis de dourada e robalo, 2) isolamento das criptas intestinais, e 3) teste de condições de cultivo in vitro (temperatura, atmosfera, meio de cultivo, etc.). Após o estabelecimento dos organoides intestinais será necessário proceder a 4) ensaios de toxicidade e 5) análise de perfil genético destas células.

  • iOysters – Desenvolvimento e otimização do crescimento de ostras em sistemas fechados

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: iOysters – Desenvolvimento e otimização do crescimentos de ostras em sistemas fechados

    Objetivo geral: O objetivo geral do projeto iOysters é otimizar as condições de produção de ostras de modo a obter sistemas de produção fechados (RAS) e semi-fechados que permitam uma produção de ostras independente do meio natural. Como objetivos específicos tem 1) Caracterização, avaliação e seleção das condições ótimas para a produção de ostra; 2) Otimização das dietas, avaliação das densidades e espécies de microalgas a fornecer as ostras.

    Tarefas previstas:

    Identificação das condições ideais de crescimento de ostras.

    Exposição de juvenis triploides da ostra japonesa (Magallana gigas), disponíveis comercialmente, a diversas condições, de modo a avaliar o impacto (individual e combinado) destes no crescimento das ostras. Este teste vai se focar na avaliação do impacto de dietas, condições ambientais, práticas de zootecnia, técnicas de manipulação, bem como na dieta fornecida, avaliando o impacto de alterações na composição e densidade do alimento fornecido. Estes ensaios serão realizados em um sistema fechado sob condições controladas, onde todos os parâmetros serão regulados e monitorados recorrendo a sensores e medições manuais. Os ensaios terão um período de três meses com a análise de Índices de desempenho Qualidade nutricional e Respostas fisiológicas Dentro desta atividade estão contempladas tarefas como:

    - Desenho e implementação de sistemas de produção de bivalves;

    - Manutenção dos sistemas de produção de bivalves;

    - Rotina de alimentação e limpeza dos sistemas de produção de bivalves;

    - Recolha de parâmetros bióticos e abióticos;

    - Colaboração nas amostragens para recolha de dados;

    - Colaboração na análise e interpretação dos dados recolhidos;

    - Colaboração na elaboração de relatórios e artigos científicos.

  • Cultivo de macroalgas em maternidade

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DISPONÍVEL ATÉ DEZEMBRO

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em maternidade

    Objetivo geral: Otimização de técnicas de cultivo de macroalgas em maternidade para produção em mar, e avaliação da sua capacidade de biorremediação de nutrientes dissolvidos.

    Tarefas previstas:

    Recolha de biomassa para propagação, preparação e manutenção de ensaios de cultivo de biomassa em fio (spools) em ambiente controlado e manipulável. Amostragens de biomassa; captura de imagem, contagens e medições à lupa/microscópio, pesagem de biomassa

  • Cultivo de macroalgas em IMTA

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Sandra Ramos
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt


    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em IMTA

    Objetivo geral: Otimização do cultivo de Ulva sp. e/ou Gracilaria sp. em IMTA em tanques de terra e avaliação da biorremediação de nutrientes.

    Tarefas previstas:

    1. Amostragens de biomassa, pesagem e secagem.

    2. Amostragem e análise de nutrientes dissolvidos.

    3. Preparação de biomassa para análise CN.

    4. Avaliação do estado reprodutivo da biomassa cultivada.

    5. Monitorização de parâmetros ambientais.

    6. Preparação e manutenção dos sistemas de cultivo.

  • Cultivo de macroalgas em condições controladas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Sandra Ramos 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em condições controladas 

    Objetivo geral: Investigação do cultivo de Ulva sp. e/ou Gracilaria sp. em condições controladas e manipuladas. 

    Tarefas previstas:
    1.     Planeamento experimental. 
    2. Preparação do set up experimental. 
    3. Manutenção dos ensaios de cultivo de macroalgas. 
    4. Amostragens de biomassa cultivada, pesagem e secagem. 
    5. Monitorização de parametros ambientais e qualidade da água durante o cultivo. 
    6. Preparação de biomassa para análise CN. 
    7. Revisão bibliográfica. 
     

  • Desenvolvimento de um algoritmo de aprendizagem automática para a deteção automatizada de células do sangue específicas de peixes - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: João Janeiro, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de um algoritmo de aprendizagem automática para a deteção automatizada de células do sangue específicas de peixes

    Objetivo geral: Esta tese tem como objetivo desenvolver um algoritmo de aprendizagem automática, concebido para detetar e classificar automaticamente tipos específicos de células do sangue em amostras digitalizadas de sangue de peixes. O projeto envolverá o processamento e a análise de imagens microscópicas de alta resolução utilizando técnicas avançadas de processamento de imagem e modelos de aprendizagem automática. O desenvolvimento bem-sucedido deste algoritmo poderá melhorar significativamente a investigação biológica e o diagnóstico em ictiologia, proporcionando uma alternativa mais rápida e mais exata à análise microscópica manual.

    Objetivos: 

    1. Reunir um conjunto de dados de amostras digitalizadas de sangue de peixe, anotadas com dados biológicos especializados sobre os tipos e características das células.

    2. Conceber e implementar um modelo de aprendizagem automática capaz de reconhecer e classificar vários tipos de células de sangue de peixes.

    3. Avaliar a precisão e eficiência do algoritmo em relação a um conjunto de imagens de teste não vistas anteriormente, garantindo robustez e a fiabilidade.

    4. Desenvolver uma interface de fácil utilização que permita aos biólogos e investigadores introduzir facilmente novas imagens e receber uma análise detalhada das células.

    5. Contribuir para o conhecimento em processamento digital de imagens na investigação biológica através da publicação de um artigo de investigação.

    Tarefas previstas:

    1. Efetuar uma revisão pormenorizada das técnicas existente no domínio do processamento de imagens e das aplicações de aprendizagem automática na imagiologia biológica.

    2. Pré-processar imagens para melhorar as características relevantes para a análise de aprendizagem automática, incluindo segmentação e normalização.

    3. Experimentar vários modelos de aprendizagem automática (por exemplo, CNNs, SVMs) para determinar a abordagem mais eficaz para a deteção e classificação de células.

    4. Treinar o modelo utilizando o conjunto de dados preparado, efetuar o ajuste dos hiperparâmetros e a validação cruzada para otimizar o desempenho.

    5. Utilizar métricas como a exatidão, a precisão, a recuperação e a pontuação F1 para avaliar o modelo nos dados de teste.

    6. Desenvolver e testar um interface gráfico do utilizador (GUI) quer permita aos utilizadores interagir com o modelo sem problemas.

    7. Preparação do artigo: documentar o processo de investigação, a arquitetura do modelo e os resultados da avaliação. Preparar um documento de investigação que constituirá a tese de mestrado.

  • Efeitos da suplementação de meios de criopreservação com extratos de microalgas e/ou vesículas extracelulares derivadas de leite bovino em espermatozoides de dourada (𝘚𝘱𝘢𝘳𝘶𝘴 𝘢𝘶𝘳𝘢𝘵𝘢) - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Sandra Ramos, Renata Gonçalves
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Efeitos da suplementação de meios de criopreservação com extratos de microalgas e/ou vesículas extracelulares derivadas de leite bovino em espermatozoides de dourada (Sparus aurata)

    Objetivo geral: Explorar técnicas inovadores na criopreservação de esperma de peixe, particularmente (1) os efeitos de extratos de microalgas e (2) vesículas extracelulares derivadas de leite de bovino (EVs) em espermatozoides congelados de dourada. Tirando partido dos compostos bioativos presentes nos extratos de microalgas (tais como carotenoides, ácidos gordos polinsaturados (PUFAs), compostos fenólicos, terpenos, proteínas e polissacáridos sulfatados) e nas EVs (proteínas, lípidos, ARN e microARNs), o objetivo é aumentar a resiliência dos espermatozoides e melhorar as taxas globais de sucesso de criopreservação, contribuindo para taxas de fertilização mais elevadas.

    Tarefas previstas:

    Técnicas de gestão de reprodutores:

    - Procedimentos de recolha de esperma, criopreservação e descongelação.

    - Fertilizações e possível indução da maturação e ovulação das fêmeas.

    - Avaliação da qualidade do esperma criopreservado:

    • Avaliação das percentagens de fertilização e eclosão dos ovos.
    • Sobrevivência larvar em placas.
    • Motilidade e velocidade total e progressiva.
    • Viabilidade celular.
    • Peroxidação lipídica.
    • Presença de espécies reativas de oxigénio (ROS).
    • Integridade do DNA.
    • Apoptose celular.

    - Efetuar análises estatísticas dos resultados obtidos.

  • Efeito de dietas à base de 𝘎𝘳𝘢𝘤𝘪𝘭𝘢𝘳𝘪𝘢 𝘴𝘱. no aumento da produção de gónadas em ouriços-do-mar (𝘗𝘢𝘳𝘢𝘤𝘦𝘯𝘵𝘳𝘰𝘵𝘶𝘴 𝘭𝘪𝘷𝘪𝘥𝘶𝘴) - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Sandra Ramos, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Efeito de dietas à base de Gracilaria sp. no aumento da produção de gónadas em ouriços-do-mar (Paracentrotus lividus)

    Objetivo geral: Investigar os efeitos de diferentes dietas no aumento da produção de gónadas em ouriço-do-mar (Paracentrotus lividus), particularmente Gracilaria sp. e a sua inclusão numa dieta granulada.

    Objetivos: 

    1. Realizar um ensaio de alimentação de ouriços-do-mar durante cerca de três meses, de janeiro a março de 2025.

    2. Efetuar medições biométricas nos ouriços-do-mar, incluindo o diâmetro, peso húmido, peso das gónadas e o índice gonadossomático (GSI), juntamente com a avaliação da cor das gónadas.

    3. Efetuar o exame histológico das gónadas dos ouriços-do-mar.

    4. Analisar o teor lipídico das gónadas de ouriço-do-mar.

    5. Analisar os resultados da composição dos ácidos gordos.

    6. Efetuar análises estatísticas dos resultados obtidos.

  • Identificação morfológica e molecular de bactérias patogénicas isoladas de animais marinhos - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Identificação morfológica e molecular de bactérias patogénicas isoladas de animais marinhos

    Objetivo geral: A aquacultura tem vindo a crescer na última década devido ao contínuo crescimento da população mundial. Essa necessidade de fornecer alimento de uma forma mais rápida tem tornado a produção em aquacultura mais intensiva, causando um maior estado de stress nos peixes, o que pode comprometer o seu sistema imunitário e aumentar os surtos causados por bactérias patogénicas, o que leva a impactos económicos negativos para o setor. Por isso uma identificação rápida e precisa destes patógenos é importante para prevenir a ocorrência de surtos. No entanto, as técnicas convencionais são demoradas e muitas das vezes não conseguem chegar à espécie, mas apenas ao género. Para ultrapassar estes problemas podem ser usadas técnicas moleculares para a identificação destas espécies que, para além de serem mais rápidas, são sensíveis, exatas e permitem a identificação de múltiplos agentes patogénicos bacterianos numa só análise. O objetivo geral desta tese foca-se na elaboração de protocolos de identificação molecular de bactérias através da técnica de PCR, e criopreservação das mesmas no BIOBANCO do S2AQUA.

    Tarefas previstas:

    As tarefas previstas envolvem 1) análise patológicas de amostras de peixes doentes, em colaboração com o laboratório de patologia, assim como 2) técnicas de cultivo, isolamento e 3) caracterização morfológica e bioquímica das bactérias isoladas. Posteriormente 4) métodos de criopreservação e catalogação serão efetuados para que as amostras sejam adicionadas ao BIOBANCO do S2AQUA. Para a identificação molecular, as tarefas serão focadas na 5) pesquisa nas bases de dados de sequências genéticas das espécies em questão, do 6) desenho de primers, e da 7) otimização dos protocolos de PCR. Poderá ainda ser necessária a análise de resultados de sequenciação.

  • Otimização de condições de cultivo para produção de caranguejo de casca-mole - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Renata Gonçalves 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em condições controladas 

    Objetivo geral: Determinar condições mais favoráveis (temperatura e alimento) ao processo de muda de carapaça em caranguejos azuis e verdes.  

    Tarefas previstas:
    - Ensaios in vivo com juvenis de caranguejo azul (Callinectes sapidus) e caranguejo verde (Carcinus maenas) para testar o efeito da temperatura no processo de muda de carapaça.  
    - Ensaios in vivo para testar o efeito de diferentes regimes alimentares no crescimento de juvenis de caranguejo azul (Callinectes sapidus) e caranguejo verde (Carcinus maenas).  
    - Análises laboratoriais de indicadores fisiológicos (atividade de enzimas digestivas).  
    - Análise de dados e reporte de resultados. 
     

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