Teses e estágios

O S2AQUA promove a formação e treino especializado, pelo que trabalhamos com alunos e recém graduados, disponibilizando várias oportunidades de trabalho experimental, que abarcam áreas bem diversas:

  • Aquacultura
  • Biologia Marinha
  • Bioquímica
  • Biologia Molecular
  • Biomédicas
  • entre outras.

Caso tenha interesse em algum destes temas, consulte a lista abaixo e contacte-nos!

  • Diagnóstico molecular “𝘪𝘯 𝘭𝘰𝘤𝘰” de parasitas marinhos emergentes em aquacultura utilizando a tecnologia LAMP

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Diagnóstico molecular "in loco" de parasitas marinhos emergentes em aquacultura utilizando a tecnologia LAMP

    Objetivo geral: As doenças parasitárias representam um dos principais constrangimentos à sustentabilidade da aquacultura marinha, causando elevadas taxas de mortalidade e perdas económicas significativas. Parasitas como Amyloodinium ocellatum e amebas patogénicas são particularmente problemáticos devido à sua rápida disseminação e à dificuldade de deteção precoce em ambiente produtivo. Atualmente, o diagnóstico baseia-se maioritariamente em observação microscópica e métodos moleculares laboratoriais (PCR), que requerem infraestruturas especializadas, pessoal técnico treinado e tempos de resposta incompatíveis com a tomada de decisão rápida em contexto industrial. A tecnologia LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification) surge como uma alternativa promissora, permitindo amplificação de DNA rápida, sensível e específica, sem necessidade de equipamento complexo. Apesar do seu potencial, a aplicação do LAMP em ambiente industrial aquícola ainda é limitada, exigindo otimização de protocolos e validação com amostras reais.

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica sobre parasitas marinhos relevantes e métodos de diagnóstico molecular existentes;

    • Seleção de alvos moleculares para Amyloodinium ocellatum e Amebas patogénicas;

    • Otimização de protocolos LAMP (primers, condições de reação e métodos de deteção);

    • Testes de sensibilidade e especificidade usando amostras laboratoriais e ambientais;

    • Aplicação e validação do método em contexto industrial aquícola.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Desenvolvimento e otimização de organoides intestinais de dourada (𝘚𝘱𝘢𝘳𝘶𝘴 𝘢𝘶𝘳𝘢𝘵𝘢) e robalo (𝘋𝘪𝘤𝘦𝘯𝘵𝘳𝘢𝘳𝘤𝘩𝘶𝘴 𝘭𝘢𝘣𝘳𝘢𝘹) como modelos funcionais em aquacultura

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento e otimização de organoides intestinais de dourada (Sparus aurata) e robalo (Dicentrarchus labrax) como modelos funcionais em aquacultura

    Objetivo geral: O intestino desempenha um papel central na saúde, nutrição e resposta imunitária dos peixes, sendo diretamente influenciado por fatores como dieta, stress ambiental e patógenos. No entanto, o estudo destes processos em peixes depende ainda fortemente de ensaios in vivo, levantando questões éticas, logísticas e económicas.
    Os organoides intestinais, chamados de “mini-intestinos”, surgem como modelos tridimensionais inovadores, capazes de mimetizar a arquitetura e funções do epitélio intestinal. Embora amplamente utilizados em modelos humanos e de mamíferos, a sua aplicação em espécies aquícolas marinhas é ainda incipiente, existindo uma clara lacuna na otimização de protocolos específicos para espécies como dourada e robalo. Esta tese pretende contribuir para o desenvolvimento de modelos in vitro robustos, reprodutíveis e aplicáveis à investigação em nutrição, toxicologia e saúde animal.

    Tarefas previstas:

    • Revisão do estado da arte sobre organoides intestinais em vertebrados e peixes;

    • Isolamento e caracterização de células intestinais de dourada e robalo;

    • Otimização de protocolos de cultura tridimensional (matrizes, fatores de crescimento e condições de cultivo);

    • Avaliação morfológica e funcional dos organoides obtidos;

    • Testes preliminares de resposta a estímulos nutricionais ou ambientais.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Estabelecimento de organoides de pele de salmão como modelo inovador para o estudo de barreiras epiteliais em aquacultura

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Estabelecimento de organoides de pele de salmão como modelo inovador para o estudo de barreiras epiteliais em aquacultura

    Objetivo geral: A pele dos peixes constitui a primeira linha de defesa contra agentes patogénicos e stress ambiental, sendo crucial para a sobrevivência e bem-estar em sistemas aquícolas intensivos. No salmão, lesões cutâneas estão frequentemente associadas a infeções, parasitas e manuseamento, com impactos diretos na produtividade. Os organoides de pele representam uma abordagem emergente na engenharia de tecidos, permitindo o estudo de processos celulares complexos num sistema controlado e biologicamente relevante. Contudo, a aplicação desta tecnologia a espécies aquícolas, nomeadamente ao salmão, encontra-se ainda numa fase embrionária. Esta tese visa desenvolver e otimizar protocolos para o cultivo de organoides de pele de salmão, abrindo novas perspetivas para a investigação em saúde cutânea, toxicologia e interações hospedeiro-patógeno.

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica sobre organoides de pele e modelos epiteliais em peixes e mamíferos;

    • Isolamento de células da pele de salmão;

    • Desenvolvimento e otimização de protocolos de cultura tridimensional;

    • Caracterização estrutural e celular dos organoides;

    • Avaliação da viabilidade e estabilidade dos modelos ao longo do tempo.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Desenvolvimento de uma ferramenta molecular para deteção precoce de microalgas tóxicas em sistemas marinhos e aquícolas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de uma ferramenta molecular para deteção precoce de microalgas tóxicas em sistemas marinhos e aquícolas

    Objetivo geral: Os blooms de microalgas tóxicas representam uma ameaça crescente para os ecossistemas marinhos, a saúde pública e a aquacultura, podendo levar ao encerramento de explorações e à mortalidade massiva de organismos cultivados. Os métodos tradicionais de monitorização baseiam-se na identificação microscópica e análises químicas, que são morosos e exigem elevada especialização técnica. Métodos moleculares oferecem uma alternativa rápida e específica para a deteção de espécies tóxicas antes da manifestação de efeitos visíveis, permitindo uma abordagem preventiva. Sistemas de alerta precoce baseados em biologia molecular ainda necessitam de desenvolvimento e validação para diferentes contextos ambientais. Esta tese propõe o desenvolvimento de um método molecular sensível e adaptável para deteção de microalgas tóxicas relevantes em ambientes marinhos e aquícolas.

    Tarefas previstas:

    • Revisão do estado da arte sobre microalgas tóxicas em Portugal e métodos de deteção;

    • Seleção de espécies-alvo e marcadores moleculares específicos;

    • Desenvolvimento e otimização de vários métodos de deteção molecular (qPCR, qPCR-Multiplex, dPCR…);

    • Testes de sensibilidade, especificidade e robustez de cada método;

    • Aplicação a amostras ambientais mais complexas.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Caracterização e otimização de linhas celulares de peixes para aplicações em aquacultura celular

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Caracterização e otimização de linhas celulares de peixes para aplicações em aquacultura celular

    Objetivo geral: A agricultura celular, baseada na produção de proteínas animais a partir de culturas celulares, apresenta-se como uma abordagem promissora para responder aos desafios futuros do abastecimento alimentar. No contexto deste setor emergente, a aquacultura celular, orientada para a produção de pescado cultivado, enfrenta uma limitação crítica relacionada com a escassa disponibilidade de linhas celulares de organismos marinhos adequadas a este fim.
    O presente trabalho tem como objetivo otimizar as condições de cultivo de linhas celulares de peixes e avaliar o seu potencial para aplicações em aquacultura celular. A adequação destas linhas será analisada com base no seu desempenho proliferativo, na capacidade de crescimento em meios isentos de soro animal e no potencial de diferenciação em linhagens musculares ou adiposas. Adicionalmente, será realizada a sua caracterização através de abordagens ómicas, nomeadamente transcriptómica, proteómica e/ou lipidómica.

    Tarefas previstas:

    • Autenticação das linhas celulares de peixes através de barcoding genético;

    • Otimização do crescimento celular por variação da temperatura de cultivo e do meio de cultura, com medição do tempo de duplicação celular;

    • Avaliação da capacidade de diferenciação das linhas celulares em células musculares e adiposas, utilizando protocolos de diferenciação e técnicas de coloração específicas;

    • Caracterização detalhada das linhas celulares através de abordagens multi-ómicas (transcriptómica, proteómica, lipidómica, entre outras);

    • Estabelecimento e/ou otimização de protocolos de criopreservação das linhas celulares.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Adaptação e caracterização de células de polvo cultivadas em meios isentos de soro animal suplementados com microalgas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Adaptação e caracterização de células de polvo cultivadas em meios isentos de soro animal suplementados com microalgas

    Objetivo geral: A substituição do soro fetal bovino por alternativas sustentáveis constitui um dos principais desafios na produção de alimentos cultivados à base de células. No contexto da aquacultura celular, a utilização de suplementos de com origem em microalgas surge como uma estratégia promissora para reduzir a dependência de componentes de origem animal, promovendo simultaneamente a sustentabilidade e a escalabilidade dos processos.
    O presente trabalho tem como objetivo adaptar culturas celulares de polvo a meios de cultura suplementados com soro de microalgas e avaliar o impacto dessa adaptação no desempenho celular e nas suas características biológicas e nutricionais. A adaptação será realizada através de uma estratégia gradual de substituição do soro animal, sendo analisados parâmetros como viabilidade, proliferação, estabilidade genética e morfologia celular. As células adaptadas serão posteriormente caracterizadas quanto à sua capacidade de diferenciação e aos seus perfis transcriptómico e proteómico, bem como quanto à sua composição nutricional, de modo a avaliar a sua adequação para aplicações em pescado cultivado.

    Tarefas previstas:

    • Adaptação progressiva de células de polvo a meios de cultura suplementados com diferentes formulações de soro de microalgas, recorrendo a uma estratégia de weaning;

    • Monitorização da adaptação celular através da avaliação da morfologia, viabilidade, proliferação e estabilidade genética;

    • Seleção da formulação de soro de microalgas com melhor desempenho celular;

    • Avaliação da capacidade de diferenciação das células adaptadas;

    • Caracterização molecular das células adaptadas por análises transcriptómicas e proteómicas;

    • Determinação do perfil nutricional das células cultivadas em meio otimizado e comparação com tecidos nativos, visando a sua aplicação em aquacultura celular.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Desenvolvimento e aplicação de modelos in vitro 2D para o estudo da regeneração epitelial em salmão

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento e aplicação de modelos in vitro 2D para o estudo da regeneração epitelial em salmão

    Objetivo geral: A regeneração eficiente do epitélio cutâneo é essencial para a manutenção da saúde e do bem-estar dos peixes em aquacultura. Modelos in vitro bidimensionais constituem ferramentas robustas e reprodutíveis para o estudo dos mecanismos celulares envolvidos nos processos de cicatrização e regeneração tecidular.
    O presente trabalho tem como objetivo desenvolver e aplicar modelos in vitro 2D baseados em células epiteliais de salmonídeos para a avaliação de processos regenerativos após lesão. A regeneração será estudada através de modelos de lesão induzida (scratch assay), permitindo avaliar o efeito de diferentes compostos com potencial regenerativo. A resposta celular será caracterizada com base na proliferação e viabilidade celular, sendo ainda complementada por análise transcriptómica, de forma a identificar alterações nos programas moleculares associados à regeneração epitelial.

    Tarefas previstas:

    • Estabelecimento e manutenção de culturas 2D de células epiteliais de salmonídeos;

    • Desenvolvimento de um modelo de lesão epitelial in vitro recorrendo a scratch assay;

    • Avaliação do efeito de diferentes compostos bioativos, individualmente e em combinação, na regeneração epitelial;

    • Quantificação da proliferação e viabilidade celular ao longo do processo regenerativo;

    • Caracterização funcional dos modelos 2D através de análise transcriptómica (RNA-seq).

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Influência do estádio de desenvolvimento no estabelecimento e desempenho de linhas celulares de robalo e dourada a partir de músculo e barbatana

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Influência do estádio de desenvolvimento no estabelecimento e desempenho de linhas celulares de robalo e dourada a partir de músculo e barbatana

    Objetivo geral: A aquacultura celular constitui uma abordagem promissora para a produção sustentável de pescado, sendo, no entanto, limitada pela escassa disponibilidade de linhas celulares de peixe bem caracterizadas e com desempenho consistente em cultura. A origem do tecido e o estádio de desenvolvimento do organismo doador são fatores determinantes para o sucesso do estabelecimento de culturas celulares, mas a sua influência tem sido pouco estudada de forma sistemática em espécies de interesse aquícola.
    O presente trabalho tem como objetivo avaliar o impacto do estádio de desenvolvimento - larvar, juvenil e adulto - na eficiência de estabelecimento e nas características biológicas de linhas celulares derivadas de músculo e barbatana de robalo (Dicentrarchus labrax) e dourada (Sparus aurata). Serão comparadas a eficiência do estabelecimento das culturas, o desempenho proliferativo e as características moleculares das linhas celulares obtidas, com vista à identificação das combinações de tecido e estádio de desenvolvimento mais adequadas para aplicações em aquacultura celular.

    Tarefas previstas:

    • Seleção das espécies robalo (Dicentrarchus labrax) e dourada (Sparus aurata) e definição dos estádios de desenvolvimento a estudar;

    • Recolha de explants de músculo e barbatana em indivíduos larvares, juvenis e adultos;

    • Estabelecimento de culturas primárias e desenvolvimento de linhas celulares em sistemas 2D;

    • Avaliação comparativa da eficiência de estabelecimento das culturas em função do tecido e do estádio de desenvolvimento;

    • Caracterização do crescimento celular, incluindo análise da proliferação e do tempo de duplicação;

    • Caracterização molecular das linhas celulares selecionadas através de abordagens ómicas, nomeadamente transcriptómica e/ou proteómica;

    • Estabelecimento e otimização de protocolos de criopreservação.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Desenvolvimento de um modelo 𝘪𝘯 𝘷𝘪𝘵𝘳𝘰 de desafio bacteriano em células epiteliais de robalo utilizando 𝘝𝘪𝘣𝘳𝘪𝘰 𝘢𝘯𝘨𝘶𝘪𝘭𝘭𝘢𝘳𝘶𝘮 inativado

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Joana Rosa
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de um modelo in vitro de desafio bacteriano em células epiteliais de robalo utilizando Vibrio anguillarum inativado

    Objetivo geral: As infeções bacterianas são uma das principais causas de mortalidade e perdas económicas na aquacultura. A fase inicial da infeção ocorre frequentemente ao nível da pele e mucosas, onde as bactérias interagem com células epiteliais e ativam respostas imunitárias locais.
    Este trabalho propõe o desenvolvimento de um modelo in vitro simples, baseado em linhas celulares epiteliais de robalo (Dicentrarchus labrax), expostas a Vibrio anguillarum inativado. O modelo permitirá estudar a resposta inicial das células epiteliais à presença bacteriana, avaliando viabilidade, citotoxicidade e expressão de genes associados à resposta inflamatória e reconhecimento microbiano. Esta plataforma servirá como ferramenta preliminar para investigação de estratégias alternativas ao uso de antibióticos.

    Tarefas previstas:

    • Seleção e manutenção de linha celular epitelial de robalo (pele ou barbatana);

    • Preparação de Vibrio anguillarum inativado por calor ou fixação química;

    • Otimização das condições de exposição (concentração e tempo de estímulo);

    • Avaliação da viabilidade e citotoxicidade celular após o desafio;

    • Análise da expressão de genes relacionados com resposta inflamatória e reconhecimento bacteriano (ex.: IL-1β, TNF-α, TLRs, mucinas);

    • Interpretação integrada dos resultados e avaliação da utilidade do modelo como ferramenta in vitro para estudo de infeções bacterianas em peixes.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Cultivo de macroalgas em condições controladas

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Sandra Ramos 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em condições controladas 

    Objetivo geral: Investigação do cultivo de Ulva sp. e/ou Gracilaria sp. em condições controladas e manipuladas. 

    Tarefas previstas:

    • Planeamento experimental;

    • Preparação do set up experimental;

    • Manutenção dos ensaios de cultivo de macroalgas;

    • Amostragens de biomassa cultivada, pesagem e secagem;

    • Monitorização de parametros ambientais e qualidade da água durante o cultivo;

    • Preparação de biomassa para análise CN;

    • Revisão bibliográfica. 

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton na Ria Formosa e implicações para a capacidade de carga da aquacultura de bivalves

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Renata Gonçalves 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton na Ria Formosa e implicações para a capacidade de carga da aquacultura de bivalves 

    Objetivo geral: O objetivo deste trabalho é contribuir para a caracterização da capacidade de carga da Ria Formosa, analisando a dinâmica temporal e espacial do fitoplâncton, com foco na disponibilidade alimentar para viveiros de ameijoa e na deteção sazonal de algas potencialmente tóxicas. O estudo visa identificar e quantificar o fitoplâncton em amostras recolhidas por viveiristas, avaliar padrões sazonais e espaciais, estimar a variabilidade da disponibilidade alimentar e registar a presença de géneros tóxicos, discutindo os resultados no contexto ecológico e produtivo da aquacultura de bivalves na Ria Formosa. 

    Tarefas previstas:

    • Revisão bibliográfica;

    • Formação / afinação de identificação taxonómica;

    • Processamento de amostras;

    • Identificação e contagens; 

    • Construção de base de dados; 

    • Análise estatística; 

    • Redação da tese e preparação da defesa. 

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Otimização de condições de cultivo para produção de caranguejo de casca-mole

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Renata Gonçalves 
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Otimização de condições de cultivo para produção de caranguejo de casca-mole

    Objetivo geral: Determinar condições mais favoráveis (temperatura e alimento) ao processo de muda de carapaça em caranguejos azuis e verdes.  

    Tarefas previstas:

    • Ensaios in vivo com juvenis de caranguejo azul (Callinectes sapidus) e caranguejo verde (Carcinus maenas) para testar o efeito da temperatura no processo de muda de carapaça;

    • Ensaios in vivo para testar o efeito de diferentes regimes alimentares no crescimento de juvenis de caranguejo azul (Callinectes sapidus) e caranguejo verde (Carcinus maenas); 

    • Análises laboratoriais de indicadores fisiológicos (atividade de enzimas digestivas);

    • Análise de dados e reporte de resultados. 

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • iOysters – Desenvolvimento e otimização do crescimento de ostras em sistemas fechados - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: iOysters – Desenvolvimento e otimização do crescimentos de ostras em sistemas fechados

    Objetivo geral: O objetivo geral do projeto iOysters é otimizar as condições de produção de ostras de modo a obter sistemas de produção fechados (RAS) e semi-fechados que permitam uma produção de ostras independente do meio natural. Como objetivos específicos tem 1) Caracterização, avaliação e seleção das condições ótimas para a produção de ostra; 2) Otimização das dietas, avaliação das densidades e espécies de microalgas a fornecer as ostras.

    Tarefas previstas:

    • Identificação das condições ideais de crescimento de ostras;

    • Exposição de juvenis triploides da ostra japonesa (Magallana gigas), disponíveis comercialmente, a diversas condições, de modo a avaliar o impacto (individual e combinado) destes no crescimento das ostras. Este teste vai se focar na avaliação do impacto de dietas, condições ambientais, práticas de zootecnia, técnicas de manipulação, bem como na dieta fornecida, avaliando o impacto de alterações na composição e densidade do alimento fornecido. Estes ensaios serão realizados em um sistema fechado sob condições controladas, onde todos os parâmetros serão regulados e monitorados recorrendo a sensores e medições manuais. Os ensaios terão um período de três meses com a análise de Índices de desempenho Qualidade nutricional e Respostas fisiológicas Dentro desta atividade estão contempladas tarefas como:

    - Desenho e implementação de sistemas de produção de bivalves;

    - Manutenção dos sistemas de produção de bivalves;

    - Rotina de alimentação e limpeza dos sistemas de produção de bivalves;

    - Recolha de parâmetros bióticos e abióticos;

    - Colaboração nas amostragens para recolha de dados;

    - Colaboração na análise e interpretação dos dados recolhidos;

    - Colaboração na elaboração de relatórios e artigos científicos.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Estudos preliminares de criopreservação de macroalgas com interesse económico presentes na costa algarvia - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Estudos preliminares de criopreservação de macroalgas com interesse económico presentes na costa algarvia

    Objetivo geral: Com o aumento do uso e produção de macroalgas em Aquacultura, o desenvolvimento de estratégias de produção sustentáveis torna-se cada vez mais necessário. Um dos pontos chave desse processo é a capacidade de manter a diversidade genética para o desenvolvimento de programas de reprodução com o objetivo de manter as populações selvagens. Atualmente, os biobancos são uma ferramenta importante para a preservação de estirpes, conservação da biodiversidade, restauração de ecossistemas, e aplicações na investigação. No entanto, estes esforços visam principalmente microalgas e plantas terrestres e as coleções que incluem macroalgas são pequenas e incompletas. A criopreservação poderá ser uma alternativa para guardar e preservar espécies biológicas a longo-prazo, que podem ser utilizadas a qualquer momento. O objetivo geral desta tese foca-se no desenvolvimento de protocolos de criopreservação de macroalgas como Ulva, Gracilaria ou Saccorhiza.

    Tarefas previstas:

    Com este trabalho pretende-se investigar diversos métodos de criopreservação de macroalgas que tenham interesse comercial presentes na costa portuguesa, para que estas possam ser guardadas e usadas em ensaios posteriores e para manter um stock de diversidade genética. Para isso serão efetuados diversos testes para avaliar o efeito de diferentes crioprotectores, nomeadamente concentrações ideais, tempo de equilíbrio, temperatura de criopreservação, temperatura de descongelamento, e a eficiência regenerativa das espécies criopreservadas. Serão também mantidas culturas em cultivo para servirem de controlo.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Otimização de protocolos para cultivo de organoides intestinais de peixe - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Otimização de protocolos para cultivo de organoides intestinais de peixe

    Objetivo geral: As células epiteliais do intestino são fundamentais para a digestão e absorção de nutrientes, mas também atuam como barreira física e imunológica contra microrganismos ou toxinas. A interação entre patógenos de espécies produzidas em aquacultura e os seus hospedeiros é uma área ainda pouco explorada, e por isso é imperativo o desenvolvimento de novas metodologias para compreender estes mecanismos. O uso de sistemas in vitro surgem como uma estratégia mais prática e sustentável com o objetivo de diminuir o número de animais usados em ensaios in vivo. O objetivo geral desta tese foca-se no desenvolvimento de protocolos de cultivo de organoides intestinais de peixe como ferramenta in vitro para ser usada em estudos nutricionais ou de respostas imunológicas.

    Tarefas previstas:

    • Para o desenvolvimento destes sistemas in vitro, as tarefas previstas envolvem:

    - Biópsias ao intestino posterior de juvenis de dourada e robalo;

    - Isolamento das criptas intestinais;

    - Teste de condições de cultivo in vitro (temperatura, atmosfera, meio de cultivo, etc.);

    • Após o estabelecimento dos organoides intestinais será necessário proceder a:

    - Ensaios de toxicidade;

    - Análise de perfil genético destas células.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Cultivo de macroalgas em maternidade - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Catarina Braga
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DISPONÍVEL ATÉ DEZEMBRO

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em maternidade

    Objetivo geral: Otimização de técnicas de cultivo de macroalgas em maternidade para produção em mar, e avaliação da sua capacidade de biorremediação de nutrientes dissolvidos.

    Tarefas previstas:

    • Recolha de biomassa para propagação, preparação e manutenção de ensaios de cultivo de biomassa em fio (spools) em ambiente controlado e manipulável;

    • Amostragens de biomassa; captura de imagem, contagens e medições à lupa/microscópio, pesagem de biomassa.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Cultivo de macroalgas em IMTA - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Raquel Quintã, Sandra Ramos
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Cultivo de macroalgas em IMTA

    Objetivo geral: Otimização do cultivo de Ulva sp. e/ou Gracilaria sp. em IMTA em tanques de terra e avaliação da biorremediação de nutrientes.

    Tarefas previstas:

    • Amostragens de biomassa, pesagem e secagem;

    • Amostragem e análise de nutrientes dissolvidos;

    • Preparação de biomassa para análise CN;

    • Avaliação do estado reprodutivo da biomassa cultivada;

    • Monitorização de parâmetros ambientais;

    • Preparação e manutenção dos sistemas de cultivo.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Desenvolvimento de um algoritmo de aprendizagem automática para a deteção automatizada de células do sangue específicas de peixes - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: João Janeiro, Cátia Marques
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Desenvolvimento de um algoritmo de aprendizagem automática para a deteção automatizada de células do sangue específicas de peixes

    Objetivo geral: Esta tese tem como objetivo desenvolver um algoritmo de aprendizagem automática, concebido para detetar e classificar automaticamente tipos específicos de células do sangue em amostras digitalizadas de sangue de peixes. O projeto envolverá o processamento e a análise de imagens microscópicas de alta resolução utilizando técnicas avançadas de processamento de imagem e modelos de aprendizagem automática. O desenvolvimento bem-sucedido deste algoritmo poderá melhorar significativamente a investigação biológica e o diagnóstico em ictiologia, proporcionando uma alternativa mais rápida e mais exata à análise microscópica manual.

    Objetivos: 

    • Reunir um conjunto de dados de amostras digitalizadas de sangue de peixe, anotadas com dados biológicos especializados sobre os tipos e características das células;

    • Conceber e implementar um modelo de aprendizagem automática capaz de reconhecer e classificar vários tipos de células de sangue de peixes;

    • Avaliar a precisão e eficiência do algoritmo em relação a um conjunto de imagens de teste não vistas anteriormente, garantindo robustez e a fiabilidade;

    • Desenvolver uma interface de fácil utilização que permita aos biólogos e investigadores introduzir facilmente novas imagens e receber uma análise detalhada das células;

    • Contribuir para o conhecimento em processamento digital de imagens na investigação biológica através da publicação de um artigo de investigação.

    Tarefas previstas:

    • Efetuar uma revisão pormenorizada das técnicas existente no domínio do processamento de imagens e das aplicações de aprendizagem automática na imagiologia biológica;

    • Pré-processar imagens para melhorar as características relevantes para a análise de aprendizagem automática, incluindo segmentação e normalização;

    • Experimentar vários modelos de aprendizagem automática (por exemplo, CNNs, SVMs) para determinar a abordagem mais eficaz para a deteção e classificação de células;

    • Treinar o modelo utilizando o conjunto de dados preparado, efetuar o ajuste dos hiperparâmetros e a validação cruzada para otimizar o desempenho;

    • Utilizar métricas como a exatidão, a precisão, a recuperação e a pontuação F1 para avaliar o modelo nos dados de teste;

    • Desenvolver e testar um interface gráfico do utilizador (GUI) quer permita aos utilizadores interagir com o modelo sem problemas;

    • Preparação do artigo: documentar o processo de investigação, a arquitetura do modelo e os resultados da avaliação. Preparar um documento de investigação que constituirá a tese de mestrado.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Efeitos da suplementação de meios de criopreservação com extratos de microalgas e/ou vesículas extracelulares derivadas de leite bovino em espermatozoides de dourada (𝘚𝘱𝘢𝘳𝘶𝘴 𝘢𝘶𝘳𝘢𝘵𝘢) - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Sandra Ramos, Renata Gonçalves
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Efeitos da suplementação de meios de criopreservação com extratos de microalgas e/ou vesículas extracelulares derivadas de leite bovino em espermatozoides de dourada (Sparus aurata)

    Objetivo geral: Explorar técnicas inovadores na criopreservação de esperma de peixe, particularmente (1) os efeitos de extratos de microalgas e (2) vesículas extracelulares derivadas de leite de bovino (EVs) em espermatozoides congelados de dourada. Tirando partido dos compostos bioativos presentes nos extratos de microalgas (tais como carotenoides, ácidos gordos polinsaturados (PUFAs), compostos fenólicos, terpenos, proteínas e polissacáridos sulfatados) e nas EVs (proteínas, lípidos, ARN e microARNs), o objetivo é aumentar a resiliência dos espermatozoides e melhorar as taxas globais de sucesso de criopreservação, contribuindo para taxas de fertilização mais elevadas.

    Tarefas previstas:

    Técnicas de gestão de reprodutores:

    • Procedimentos de recolha de esperma, criopreservação e descongelação;

    • Fertilizações e possível indução da maturação e ovulação das fêmeas;

    • Avaliação da qualidade do esperma criopreservado:

    - Avaliação das percentagens de fertilização e eclosão dos ovos;

    - Sobrevivência larvar em placas;

    - Motilidade e velocidade total e progressiva;

    - Viabilidade celular;

    - Peroxidação lipídica;

    - Presença de espécies reativas de oxigénio (ROS);

    - Integridade do DNA;

    - Apoptose celular;

    • Efetuar análises estatísticas dos resultados obtidos.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Efeito de dietas à base de 𝘎𝘳𝘢𝘤𝘪𝘭𝘢𝘳𝘪𝘢 𝘴𝘱. no aumento da produção de gónadas em ouriços-do-mar (𝘗𝘢𝘳𝘢𝘤𝘦𝘯𝘵𝘳𝘰𝘵𝘶𝘴 𝘭𝘪𝘷𝘪𝘥𝘶𝘴) - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Sandra Ramos, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Efeito de dietas à base de Gracilaria sp. no aumento da produção de gónadas em ouriços-do-mar (Paracentrotus lividus)

    Objetivo geral: Investigar os efeitos de diferentes dietas no aumento da produção de gónadas em ouriço-do-mar (Paracentrotus lividus), particularmente Gracilaria sp. e a sua inclusão numa dieta granulada.

    Objetivos: 

    • Realizar um ensaio de alimentação de ouriços-do-mar durante cerca de três meses, de janeiro a março de 2025.

    • Efetuar medições biométricas nos ouriços-do-mar, incluindo o diâmetro, peso húmido, peso das gónadas e o índice gonadossomático (GSI), juntamente com a avaliação da cor das gónadas.

    • Efetuar o exame histológico das gónadas dos ouriços-do-mar.

    • Analisar o teor lipídico das gónadas de ouriço-do-mar.

    • Analisar os resultados da composição dos ácidos gordos.

    • Efetuar análises estatísticas dos resultados obtidos.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

  • Identificação morfológica e molecular de bactérias patogénicas isoladas de animais marinhos - não disponível

    IDENTIFICAÇÃO DO ORIENTADOR
    Nome: Iris Silva, Florbela Soares
    E-mail: formacao@s2aquacolab.pt

    DESCRIÇÃO SUMÁRIA DA PROPOSTA DE TRABALHO
    Título provisório: Identificação morfológica e molecular de bactérias patogénicas isoladas de animais marinhos

    Objetivo geral: A aquacultura tem vindo a crescer na última década devido ao contínuo crescimento da população mundial. Essa necessidade de fornecer alimento de uma forma mais rápida tem tornado a produção em aquacultura mais intensiva, causando um maior estado de stress nos peixes, o que pode comprometer o seu sistema imunitário e aumentar os surtos causados por bactérias patogénicas, o que leva a impactos económicos negativos para o setor. Por isso uma identificação rápida e precisa destes patógenos é importante para prevenir a ocorrência de surtos. No entanto, as técnicas convencionais são demoradas e muitas das vezes não conseguem chegar à espécie, mas apenas ao género. Para ultrapassar estes problemas podem ser usadas técnicas moleculares para a identificação destas espécies que, para além de serem mais rápidas, são sensíveis, exatas e permitem a identificação de múltiplos agentes patogénicos bacterianos numa só análise. O objetivo geral desta tese foca-se na elaboração de protocolos de identificação molecular de bactérias através da técnica de PCR, e criopreservação das mesmas no BIOBANCO do S2AQUA.

    Tarefas previstas:

    As tarefas previstas envolvem 1) análise patológicas de amostras de peixes doentes, em colaboração com o laboratório de patologia, assim como 2) técnicas de cultivo, isolamento e 3) caracterização morfológica e bioquímica das bactérias isoladas. Posteriormente 4) métodos de criopreservação e catalogação serão efetuados para que as amostras sejam adicionadas ao BIOBANCO do S2AQUA. Para a identificação molecular, as tarefas serão focadas na 5) pesquisa nas bases de dados de sequências genéticas das espécies em questão, do 6) desenho de primers, e da 7) otimização dos protocolos de PCR. Poderá ainda ser necessária a análise de resultados de sequenciação.

    Esta proposta de tese/estágio é de natureza curricular/académica e não remunerada.

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